Aktuelni projekti



+ ANALIZA UČINKOVITOSTI PRIMJENE DNK KRATKIH REPETITIVNIH SEKVENCI U UTVRĐIVANJU SRODSTVA MEĐU POTOMCIMA JEDNOG RODITELJSKOG PARA UNUTAR IZOLOVANIH HUMANIH POPULACIJA

Opširnije:
^ zatvori

+ CITOGENETIČKO-GENOTOKSIKOLOŠKA ISTRAŽIVANJA BIOAKTIVNOSTI FIZIČKIH, HEMIJSKIH I BIOLOŠKIH AGENASA (dugoročni projekat)

    Istraživanja genotoksičnog potencijala različitih fizičkih, hemijskih i bioloških agenasa, primjenom savremenih citogenetičkih metoda su  dugoročni projekat Laboratorije za citogenetiku i genotoksikologiju, pod nazivom Citogenetička i genotoksikološka istraživanja bioaktivnosti fizičkih, hemijskih i bioloških agenasa. U realizaciji ovoga projekta značajnu ulogu imali su studenti koji su participacijom pomogli istraživanje i ujedno realizirali svoje diplomske radove.
    Tokom 2008. analizirana je aneugena i klastogena aktivnost ranitidin hidrohlorida in vitro primjenom testa analize hromosomskih aberacija u kulturi limfocita periferne krvi. Također je izvršeno ispitivanje uticaja variranja temperature i primjene adekvatne aseptične tehnike na uspješnost kultivacije humanih limfocita periferne krvi. Primjenom mikronukleus citokineza–blok testa u kulturi limfocita periferne krvi analiziran je genotoksični potencijal gentamicina, kao i acetil–salicilne kiseline in vitro. Procjena genotoksičnog i citotoksičnog potencijala metamizola, kao i ekstrakta biljke Ginkgo biloba također je izvršena primjenom mikronukleus citokineza–blok testa. Sva prethodno navedena ispitivanja predstavljaju preliminarna istraživanja i poslužila su za izradu diplomskih radova osam studenata, ali također predstavljaju polaznu osnovu za daljnja detaljnija istraživanja i publiciranje dobivenih rezultata.
    Istraživanje bioaktivnog potencijala halogeniranih boroksina, koje se također realizira u okviru ovoga projekta, provodi se u kulturi humanih limfocita periferne krvi analizom koja obuhvata: test analize hromosomskih aberacija, mikronukleus citokineza–blok test i test analize izmjena sestrinskih hromatida, a istraživanje bioaktivnog potencijala halogeniranih boroksina u odabranoj kulturi humane tumorske ćelijske linije će biti provedeno primjenom Alamar–blue testa.

Kontakt: lcg@ingeb.ba; sanin.haveric@ingeb.ba
^ zatvori

+ CITOGENETIČKO-GENOTOKSIKOLOŠKI MONITORING HUMANIH BH. POPULACIJA (dugoročni projekat)

Jedna od dugoročnih strategija Laboratorije za citogenetiku i genotoksikologiju, obuhvata citogenetičko–genotoksikološki monitoring ljudskih populacija u Bosni i Hercegovini. Istraživanja u ovome smjeru započela su 2002., početkom realizacije projekta Citogenetički markeri u humanim populacijama FBiH kao mogući bioindikatori za «Balkanski sindrom». Rezultati ovoga projekta sumirani su 2005. u magistarskom radu pod naslovom Komparativna genotoksikološka istraživanja bh. stanovništva izloženog mutagenima životne sredine u ratnom i poratnom periodu.
    Nakon ovoga, istraživanja citogenetičkog i genotoksikološkog statusa bh. stanovništva nastavljena su analizom citogenetičkih markera kod mladih osoba iz bh. populacije, kao indikatora izloženosti duhanu i duhanskim derivatima. Rezultati ovoga istraživanja prezentirani su odbranom magistarskog rada Anje Haverić pod naslovom Analiza citogenetičkih biomarkera genotoksičnosti duhanskih derivate.
    Najnoviji smjer istraživanja u okviru projekta predstavlja analiza značajnosti razlika u frekvenciji citogenetičkih markera između kontrolne i jonizirajućem zračenju izložene grupe, kao i komplementarnost primjenjenih testova. Rezultati ovog istraživanja biće predstavljeni u okviru magistarskog rada Anise Rahmanović pod naslovom Komplementarnost citogenetičkih testova u analizi genotoksičnih efekata jonizirajućeg zračenja.

Kontakt: lcg@ingeb.ba; sanin.haveric@ingeb.ba
^ zatvori

+ DNK ANALIZA I ANALIZA C14 METODE DATIRANJA ARHEOLOŠKIH SKELETNIH OSTATAKA SA LOKALITETA ZGOŠĆA I BOBOVAC

Prva faza projekta obuhvata nabavku dijela potrošnog materijala i sitne opreme (amplifikacijskih i detekcijskih kitova za odgovarajuće molekularne markere), kao i neophodne literature. Slijedi prikupljanje i analiza polaznog materijala i osnovnih pratećih podataka na širem području lokaliteta Zgošća i Bobovac; optimizacija laboratorijskih procedura (produžene organske ekstrakcije, amplifikacije i detekcije), te standardizacija prostora i novonabavljene opreme u cilju uspostavljanja neophodnih uvjeta za procesiranje arheoloških koštanih uzoraka. Druga faza projekta odnosi se na optimizaciju ekstrakcije ukupne genomske DNK iz recentnijih skeletnih uzoraka, te optimizaciju PCR i detekcijske faze, kao i svih pratećih procedura, nad istim uzorcima u cilju stvaranja neophodnih uvjeta za testiranje optimiziranoga sistema DNK analize nad stvarnim, arheološkim skeletnim ostacima. Potom se pristupa provjeravanju osnovnih parametara uspostavljenoga laboratorijskoga modela nad stvarnim arheološkim skeletnim ostacima; prilagođavanju predviđenih i pripremljenih procedura za analizu ovih tragova; dodatnom usklađivanju ranije utvrđenih laboratorijskih parametara. U posljednjoj fazi projekta uvodi se prethodno uspostavljeni sistem u fazu rutinizacije posla; preliminarni podataci bit će pripremljeni u obrađeni u cilju publiciranja, kao i prezentacije ostvarenih rezultata na odgovarajućim znanstvenim skupovima.
Kontakt: lfg@ingeb.ba; damir.marjanovic@ingeb.ba
^ zatvori

+ ISPITIVANJE ANTITUMORSKIH SVOJSTAVA HALOGENIRANOG BOROKSINA (2010 -)

Rezultati preliminarnih istraživanja bioaktivnosti halogeniranih boroksina, provedenih u Institutu za genetičko inženjerstvo i biotehnologiju, ukazali su da je na osnovu rezultata primijenjenih citogenetičkih i molekularno-bioloških testova na kulturama humanih limfocita periferne krvi i bazocelularnog karcinoma moguće formulirati opći zaključak da halogenirani boroksin ispoljava citostatičnu i citotoksičnu, ali i genotoksičnu aktivnost na primjenjenim test modelima in vitro; te da bi dodatna detaljnija ispitivanja njegovih efekata na humane tumorske ćelijske linije, doprinjela jasnijem poznavanju bioaktivnosti ovoga spoja, ali i eventualnim budućim predkliničkim studijama njegovog antikancerogenog djelovanja. Testna supstanca (kalijum tetrafluorotriborat), uopšteno zvana halogenirani boroksin, je spoj boroksina sa ionima kalija, fluora i hidroksilne OH grupe. Za procjenu antitumorskog, odnosno citotoksičnog i antiproliferativnog potencijala halogeniranog boroksina in vitro, u okviru realizacije ovoga projekta, primijenjuje se alamar blue test u kulturama tumorskih ćelija.

^ zatvori

+ IZGRADNJA GENOMSKE BANKE ZA ISTRAŽIVANJE NASLJEDNIH FAKTORA ZA BIPOLARNI POREMEĆAJ RASPOLOŽENJA TIP 1 (BP1) U FAMILIJALNOM UZORKU (TRIJADAMA) SA PODRUČJA FBIH

Opširnije:
^ zatvori

+ ISTRAŽIVANJE DIFERENCIJACIJE POPULACIJE SRDELE (Sardina pilchardus Walb.) U JADRANSKOM MORU

Opširnije:
^ zatvori

+ RAZVOJ PLANINSKOG TURIZMA NA OSNOVU REZULTATA GENETIČKE KARAKTERIZACIJE ANIMALNIH RESURSA BH. PLANINSKIH JEZERA

    Bosna i Hercegovina, a posebno njen sjeverni dio zbog svoga geološkog sastava, karakteriše se izuzetno bogatom i dobro razuđenom mrežom hidroloških objekata. Vrlo često ovi vodeni objekti predstavljaju ujedno i endemske centre, sa visokim stepenom biodiverziteta flore i faune. Cilj projekta jeste izvršiti inventarizaciju animalnih resursa odabranih bh. planinskih jezera, te primjenom savremenih naučnih metoda molekularne karakterizacije procijeniti genetički diverzitet populacija. Za realizaciju tog cilja neophodno je provesti terenska istraživanja lokaliteta na odabranim bh. planinskim jezerima i prikupiti uzorke tkiva za laboratorijsku analizu. Poznavanjem stanja biodiverziteta planinskih jezera otvaraju se mogućnosti za razvoj niza turističkih sadržaja i promociju bh. planinskog turizma. Stabilni jezerski ekosistemi posebno su pogodni za uzgoj autohtonih ribljih vrsta i razvoj sportsko-ribolovnog turizma, a izletničke zone pružaju mogućnost za razvoj gastronomskog turizma. Projekat daje osnovne informacije za osmišljavanje edukativnih sadržaja u turističkim zonama, koji bi posebno bili zanimljivi najmlađem uzrastu, a koji bi na taj način od najranijih dana stvarali svijest o važnosti čuvanja prirodnih ljepota svoje države.

Kontakt: lmg@ingeb.ba; naris.pojskic@ingeb.ba
^ zatvori

+ DETEKCIJA, KARAKTERIZACIJA I KONZERVACIJA AUTOHTONIH POPULACIJA UPOTREBOM TROUTSNP ČIPA

    Glavne rijeke jugo-zapadnog Balkana teku u Crno, Egejsko i Jadransko more. Rijeka Neretva, sa svojim pritokama, je drugi po veličini riječni sistem istočnog Jadranskog sliva i predstavlja vrlo važno stanište za ihtiofaunu u području koje se odlikuje visokim genetičkim, morfološkim i ekološkim diverzitetom. Salmonide iz Neretvanskog sliva zastupljene su s nekoliko vrsta. Potočna pastrmka (Salmo trutta Linnaeus), mekousna pastrmka (Salmo obtusirostris, Heckel) i glavatica (Salmo marmoratus Cuvier) nikada nisu bile sporne kao vrste zastupljene u slivu Neretve (Karaman, 1926, Vuković, 1982; Kosoric et al., 1983.), dok je Salmo dentex uvijek bio upitan zbog neadekvatnog i nedostatnog originalnog opisa, rijetkih viđenja i odsutnosti tipskog materijala.
    Prirodna hibridizacija između Salmo obtusirostris x Salmo trutta i Salmo marmoratus x Salmo trutta konstatovana je u neretvanskom bazenu, kao i introdukcija alohtone potočne pastrmke. Ove činjenice predstavljaju vrlo važan problem za slatkovodni ekosistem rijeke Neretve i njenih pritoka, jer je drugi po veličini riječni sistem istoka Jadranskog sliva i vrlo važno stanište za ihtiofaunu. Također, velika ljudska populacija naseljava područje oko rijeke Neretve. Značaj očuvanja i zaštite autohtonih resursa slatkovodne ribe je stoga presudno. To ne predstavlja samo biološku vrijednost, već ima i vrlo važan ekonomski aspekat.
    Prirodna hibridizacija između pomenutih vrsta u slivu Neretve nije recentna pojava (Vukovic, 1982) i, sa konzervacijske tačke gledišta, ona predstavlja problem. Dodatan problem predstavlja introdukcija alohtone potočne pastrmke u rijeci Neretvi (Vuković, 1982). Porijeklo prenesenih jedinki potočne pastrmke sa različitih domaćih i stranih lokaliteta u rijeku Neretvu je u većini slučajeva nepoznato ili loše dokumentovano, posebno u ranom poslijeratnom razdoblju.
    Glavni cilj ovog istraživanja je otkrivanje specifičnih SNP varijacija GH gena (gen za hormon rasta) u populacijama potočne pastrmke (Salmo trutta), mekousne pastrmke (Salmo obtusirostris, Heckel) i glavatice (Salmo marmoratus, Cuvier)  u slivu Neretve. Ovo bi pružilo mogućnost za stvaranje novih SNP testova za karakterizaciju salmonidnih autohtonih populacija s ciljem konzervacije i uzgoja. Budući da je uzgoj salmonidnih populacija važan ekonomski segment za stanovništvo na ovim prostorima, ovo istraživanje, stoga, ima i dodatnu praktičnu vrijednost.

Kontakt: lmg@ingeb.ba; naris.pojskic@ingeb.ba
^ zatvori

+ MOLEKULARNO-GENETIČKA I MIKROBIOLOŠKA DETERMINACIJA SIMBIONTSKIH BAKTERIJSKIH ASOCIJACIJA IZ PEĆINE VJETRENICA

    Bosna i Hercegovina, po bogatstvu i raznolikosti životinjskog svijeta špilja, jedna je od vodećih zemalja u svijetu. Biospeleologiju u BiH započeo je Viktor Apfelbeck (1859-1934) odmah nakon osnivanja Zemaljskog muzeja 1888., te je bio jedan od najuglednijih stručnjaka te vrste u Evropi (Lučić, 2003; Bonacci i sur, 2008). Nažalost, u našoj zemlji duže vrijeme nije postojala institucija, niti stručnjaci koji se bave biologijom podzemlja.
Ipak u posljednjih nekoliko godina, subteranealna biologija u Bosni i Hercegovini doživljava pravi procvat.
    Znanstvenicima je speleofauna iznimno zanimljiva kako sa stanovišta morfologije i taksonomije, molekularne genetike, molekularne evolucije, ali i proteinske biokemije zbog posebnih adaptacija energetskog metabolizma na život u podzemlju. Posebnu  pažnju potrebno je obratiti i na inventarizaciju speleofaune, posebice endemične speleofaune, te izradu biospeleološkog katastra i uspostavljanja Crvene liste ugroženih vrsta u cilju edukacije i popularizacije, a time i zaštite živog svijeta podzemlja Bosne i Hercegovine.
    Predmet istraživanja ovog projekta su bakterijske asocijacije nađene za vrijeme spuštanja nivoa vode u pećini Vjetrenica (točnije u Donjoj Vjetrenici) u ljeto 2009. godine tijekom trajanja speleoloških istraživanja u okviru Speleološkog kampa Vjetrenica 2009.
    Neobične kolonije opazili su Doc. dr. Lada Lukić Bilela, te Doc. dr. Darko Bakšić i Mr. Roman Ozimec, cijenjeni speleolozi iz Hrvatske. Tom prigodom su Doc. dr. Bakšić i Mr. Ozimec svjedočili o prisustvu vrlo sličnih asocijacija u ponoru Rokina bezdana u Hrvatskoj.
    Stoga je odlučeno obaviti molekularno-genetičku determinaciju bakterijskih asocijacija kako bi se ustanovilo koliko vrsta/rodova čini ove asocijacije i u kakvim su one odnosima (npr. simbioza). Istovremeno, mikrobiološka determinacija kultiviranjem na različitim medijima i citološka obrada uzetog materijala pomoći će rasvjetljavanju ove, do sada prvi put nađene, životne forme u speleološkim objektima zemalja regije. Filogenetskim analizama u konačnici moći ćemo dobiti značajne podatake o srodstvenim odnosima između bakterijskih vrsta, te ih usporediti sa onima nađenim u ponoru Rokina bezdana.

Kontakt: lmg@ingeb.ba; naris.pojskic@ingeb.ba; lada.lukic@ingeb.ba
^ zatvori

+ RAZVOJ BIOSIGURONOSNOG SISTEMA ZA IDENTIFIKACIJU I UZORKOVANJE GENETIČKI MODIFICIRANIH ORGANIZAMA U BIH (dugoročni projekat)

    Projekat je dobio podršku Federalnog Ministarstva obrazovanja i nauke. Predviđeno je testiranje većeg broja uzoraka, dominantno stočne hrane, i testiranje prisustva GM kukuruza i soje. Prikupljanje uzoraka je otežano činjenicom da je za stočnu hranu teško dobiti deklaraciju i sastav. Prva faza podrazumijeva bazičnu detekciju na nivou t-NOS i 35S regiona. Paletu markera smo obogatili i p-FMV te CaMV polyA (t) regionima. Aktivnosti realizirane tokom 2009. godine:
  • Prikupljanje i obrada testiranog materijala:
    Prikupljeno je 20-ak uzoraka prerađevina kukuruza (kukuruzno brašno, kukuruzno integralno brašno, palenta, griz) i uzorci stočne hrane. Uzorci su obrađeni – DNK ekstrakcija (CTAB metod za uzorke sa visokim udjelom skroba), potvrda prisustva DNK kukuruza testom na zein, skrining na 35S i t-NOS, a za odabrane uzorke i p-FMV i CaMV. S obzirom da je pozitivan 35S konstatovan samo u jednom uzroku ugodno smo iznenađeni što je, bez obzira na još uvijek neuspostavljenu kontrolu tražišta, udio GMO pozitivnih uzoraka izuzetno nizak.
Navedeni uzorak je istovremeno bio negativan na t-NOS i CaMV, pa očekujemo da je riječ o MON810 modifikaciji. Zbog nedostatka pozitivne kontrole za MON810 to nismo bili u mogućnosti da potvrdimo.
Standardi za 7 najčešćih modifikacija su naručeni i očekuju se u januaru 2010.
  • Identifikacija i kvantifikacija
    Druga faza projekta podrazumijeva identifikaciju modifikacija i kvantifikaciju njihovog udjela u miješanom matriksu. Ovaj proces podrazumijava nabavku TaqMan proba i prajmera za RealTime-PCR, kao i serije standarda za kvantifikaciju.

Kontakt: adela.durmic@ingeb.ba; elma.silajdzic@ingeb.ba
^ zatvori

+ POPULACIONO-GENETIČKA KARAKTERIZACIJA STANOVNIŠTVA BIH

    Ovaj projekat predstavlja dugoročni cilj Instituta za genetičko inženjerstvo i biotehnologiju, u čijoj realizaciji učestvuje nekoliko laboratorija, a čiji je nosilac Laboratorija za bioinformatiku i biostatistiku. Projekat suštinski predstavlja II fazu realizacije, dok je I faza pod nazivom «Mogući faktori genetičke varijacije u stanovništvu Bosne i  Hercegovine» realizirana uz finansijsku podršku Ministarstva obrazovanja i nauke Kantona Sarajevo.
    Cilj projekta jeste sagledati genetičke heterogenosti ljudskih populacija u Bosni i Hercegovini, kao i poziciju bh. ljudskih populacija u okvirima evropskih ljudskih populacija. Za realizaciju ovoga cilja potrebno je formirati referentan uzorak stanovništva Bosne i Hercegovine na način da se prikupi 1000 uzoraka bukalne sluznice i/ili krvi za populaciono-genetičku analizu.
Predviđeno je da kroz projekat svi prikupljeni uzorci budu testirani za različite tipove molekularnih markera: mtDNK haplogrupe, Alu polimorfizme, krvne grupe, autosomalne STR markere, X i Y markere, SNP-ove. Istovremeno, kod donora DNK uzorka biće procjenjeno i 15 biohemijsko-fizioloških i morfoloških markera, kao indirektnih genetičkih markera. Na taj način će se napraviti sveobuhvatna studija ravnomjerno geografski distribuiranog uzorka humane populacije BiH.
    Kroz realizaciju II faze ovoga projekta planirana je analiza uzorka populacija Unsko-sanskog, Zeničko-dobojskog, Srednjebosanskog i Sarajevskog Kantona, te područja Hercegovine.
Dosadašnji rezultati ovoga projekta, osim u formi naučnog rada, publicirani su i u vidu tri diplomska rada, dva magistarska rada i dvije doktorske disertacije. Kroz provođenje II faze istraživanja, planirana je i izrada još dvije magistarske radnje.

Kontakt: naris.pojskic@ingeb.ba
^ zatvori